Для бактеріоскопічного дослідження забір матеріалу проводять з піхви, цервікального каналу та уретри. Дане дослідження дозволяє охарактеризувати біоценоз слизових даних органів та виявити найбільш розповсюджені бактеріальні інфекції – кандидоз, бактеріальний вагіноз, трихомоніаз, гонорея та ін.